搜索引擎会把二级域名当作一个独立的站点来看待，也就是说http://www.xxx.com和http://news.xxx.com是两个互相独立的网站。当然一级目录(分目录) http://www.xxx.com/news/就纯粹是它的上级目录网站http://www.xxx.com的一部分了。
顺便说一句，www.xxx.com其实是xxx.com的二级域名。如果抛开其他因素只看这两个URL，http://news.xxx.com、http://www.xxx.com/news/那么二级域名http://news.xxx.com的权威度稍微高一点，因为搜索引擎会把这个URL当作是网站的首页。另外很多人观察到主域名很多时候会传递一小部分信任度（是信任度，不是PR）给二级域名。
所以单就URL来看，二级域名比一级目录天生的信任度稍微高一点。但从SEO的角度看，我建议尽可能使用分目录，而不是二级域名。二级域名和主域名是两个完全不同的网站，你要推广的是两个网站，所有的网络营销工作都要多做一遍，网站PR值，信任度都会被这两个独立的网站所分散。
二级域名的使用会使网站变多，但同时使网站变小，分目录会使一个网站越做越大。以前提过搜索引擎优化很重要的一点就是网站内容和网站自身的质量和强度，网站的大小就是其中很重要的一个指标。网站越大，包含的内容自然就越多，对用户的帮助就越大，它所累积的信任度就更高。
所以我倾向于在做网站时尽量使用子目录。前提是整个网站主题是紧密相关的。
当然这只是就搜索引擎排名而言。在很多时候出于其他考虑，也不得不使用二级域名。比如说公司的产品线比较多，而且产品线之间的差异性比较大，那么不同的产品系列可以用不同的二级域名。
也有的时候国际性公司会在不同的国家使用不同的二级域名，比如中国分公司就使用cn.xxx.com，新加坡分公司就使用sg.xxx.com。
对一个中小企业来说，我的建议是尽可能把所有内容放在目录下，形成一个大的网站。
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